一、「行政院國家科學委員會補助專題研究計畫作業要點」修訂第六點、第十八點、第十九點、第二十四點至第二十七點；「行政院國家科學委員會補助專題研究計畫經費處理原則」現行規定共三點，修訂為十一點(檢送各該修正對照表及修正後規定全文各1份)，修訂重點如下：
(一)該會專題研究計畫補助項目分為「業務費」、「研究設備費」、「國外差旅費」及「管理費」四大項。
(二)「業務費」、「研究設備費」與「國外差旅費」三個項目間流用之比例限制，由現行流入20%、流出30%放寬至流入流出皆50%，超過此比例才須事先報該會核准。
(三)除前述補助項目的新增與補助項目間經費流用超過50%者須事先報本會核准外，各項目內支出細目是否與研究相關，及如因研究需要而有細項變更與經費調整必要者，授權由執行機構認定並逕依其內部行政程序辦理；刪除原規定中研究設備與耗材等經費用途之例示項目，俾免誤導。
(四)增訂經費浮報虛報之處置，明定追回管理費額度為浮報總額之一定倍數(一至三倍)及增列「書面告誡」處分。二、該會補助貴機構執行專題研究計畫，係依補助專題研究計畫作業要點及雙方合約進行監督管理，貴機構除依中央法規及機構內部審核程序落實計畫管理外，亦請建立內部分層負責機制及簡便合理之作業程序，若有補助經費核銷疑問，請依下列處理流程辦理：
(一)若執行機構會計單位表示該經費「不能核銷」者，請執行機構會計單位提出書面法令依據。若確與法令不符者，當然不能核銷。
(二)若法令有解釋之模糊空間，請執行機構首長依權責解釋。
(三)若執行機構首長無法解釋，執行機構可來函該會處理。
三、請執行機構辦理該會補助專題研究計畫之業務單位承辦人員務必詳閱旨揭專題研究計畫作業要點之內容並轉知計畫主持人，如有不清楚之處，再電洽本會；計畫主持人對於該會規定如有不清楚之處，請先洽詢執行機構之相關業務單位承辦人員。
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